V celých Čechách zůstalo po válce pouze něco málo přes jeden milion obyvatel, na Moravě půl milionu a necelý milion ve Slezsku. Šlechta však potřebovala pracovní síly na obdělávání polí, proto zakazovala stěhování poddaných, za pokus o útěk udělovala přísné tresty. Všichni poddaní museli přestoupit na katolickou víru. Rekatolizace českých zemí, i když byly při ní používány i násilné metody, proběhla do té míry úspěšně, že katolické vyznání se hluboce zakořenilo do prožívání našich předků. Ačkoliv byly Čechy již po polovině 17. století formálně prohlášeny za řádnou katolickou zemi, státní moc stále vyhledávala skryté nekatolíky. V Čechách bylo založeno na 200 nových klášterů. Katolická církev ve snaze získat i méně aktivní věřící začala pořádat okázalé církevní slavnosti, procesí a poutě. Vytvářela nová poutní místa, kde se podle tradice měla zjevit Panna Maria, žil tam některý ze svatých, nebo se tam nacházela zázračná socha či studánka s léčivou vodou.

Ani ve městech nebyl život snadnější. Řada domů byla pobořena nebo zůstala opuštěna. Jen pomalu se obyvatelé měst vzpamatovávali z následků dlouhé války. Kromě válečných škod zapříčinily hospodářský úpadek represe po bitvě na Bílé hoře. Města byla bez politického vlivu, svázaná středověkými zvyklostmi. Pouze šlechta žila dále v přepychu, chránila své ekonomické zájmy. V českých zemích začala postupně převládat němčina, i ve vyšších školách se vyučovalo hlavně německy. Čeština se udržovala jen na venkově.