Heydrich měl být podle původního plánu zabit Gabčíkem střelbou ze samopalu. Zbraň se však zasekla, a proto Kubiš použil granát. Při jeho explozi byl zraněn nad levým okem. Spolu s dalšími atentátníky se poté Gabčík s Kubišem skryli v podzemních prostorách pravoslavného kostela sv. Cyrila a Metoděje v Resslově ulici. Nacisté je však s pomocí zrádce Čurdy vypátrali a na kostel zaútočili.