Jednou z největších katastrof po dlouhé roky bylo drancování země žoldnéřskými oddíly. Všechny armády, ať už císařské nebo protestantské, prováděly během třicetileté války drancování, loupeže, znásilňování a jiné ukrutnosti. Stovky vesnic a tisíce domů zpustly. Hladomory a epidemie dovršily zkázu a utrpení obyvatel.

Třicetiletá válka začala v Praze a zde také v roce 1648 skončila. Švédové ji od července do října 1648 marně dobývali. Zmocnili se však Pražského hradu, odkud uloupili značné množství uměleckých památek ze sbírek Rudolfa II.