Rudolf II. začal během své vlády preferovat katolíky. Tehdy si čeští stavové pod pohrůžkou, že se připojí k Matyášovi, vynutili od Rudolfa v roce 1609 vydání Majestátu na náboženskou svobodu. Majestát zaručoval všem obyvatelům včetně poddaných náboženskou svobodu. V té době to byl naprosto výjimečný náboženský zákon.