První partyzánské skupiny začaly vznikat v druhé polovině roku 1942, přičemž činnost většiny z nich byla soustředěna na Moravě. Do těchto oddílů přicházeli zejména lidé, kteří se museli skrývat před nacisty, či uprchlí sovětští váleční zajatci. Další partyzánské skupiny vznikly v roce 1943. K rozbití odbojových skupin používalo gestapo různé metody, z nichž snad nejúčinnější z nich byl průnik českých konfidentů do jejich organizace a následné pozatýkání a popravy.
Roku 1944 došlo k rozmachu partyzánských oddílů, přičemž výsadky byly uskutečňovány jak z východu, tak ze západu. Například od dubna do července 1944 bylo na území Protektorátu vysazeno devět skupin z Anglie, které měly vytvářet bojové skupiny pro připravované povstání.