Ve východních Čechách se ale snažil vytvořit samostatné knížectví mocný rod Slavníkovců. Měli vlastní vojsko, řadu tvrzí a ovládli i jižní Čechy – krajinu Doudlebů, čímž opanovali víc než třetinu Čech. Slavník vládl svému panství z hradu Libice, který ležel při ústí Cidliny do Labe, nedaleko dnešních Poděbrad. Po Slavníkově smrti se vlády chopili jeho synové. Roku 982 byl Slavníkův syn Vojtěch jmenován pražským biskupem. Stal se horlivým zastáncem nezávislosti církve na světské moci. Jeho bratři na Libici měli vlastní vojsko, udržovali vlastní diplomatické styky s německým panovníkem a nedaleko dnešní Kutné Hory začali razit své vlastní mince. V Čechách se tak vyvíjely dva nezávislé státy vedle sebe – přemyslovský a slavníkovský.
Takový stav nemohl Boleslav II. dlouho trpět. Rozhodl se proto pro konečné řešení. V roce 995, v předvečer památky na mučednickou smrt knížete Václava, se na Libici shromáždili členové rodu Slavníkovců. Z noční tmy se vyrojili ozbrojenci a vrhli se na hradby Libice. Padli všichni obránci, zahynuli čtyři Vojtěchovi bratři, povražděni byli i starci, ženy a děti. Po zničení Libice následovalo vyvrácení všech slavníkovských hradů a tvrzí. Slavný rod byl zlikvidován. Tak Boleslav II., zvaný Pobožný, dokončil sjednocování české země.