Katolická šlechta, nespokojená s politikou krále Jiřího, našla spojence v uherském králi Matyášovi. Matyáš podporovaný papežem nakonec vytáhl s vojskem na křížovou výpravu proti českému státu. Co tomu předcházelo? Papež Pius II. zrušil roku 1462 kompaktáta, neboť prý byla vydána jen pro jednu generaci husitů. Jeho nástupce Pavel II. zbavil roku 1465 Jiříkovy poddané povinnosti takového nehodného krále poslouchat, o rok později ho sesadil z trůnu jako kacíře a vyhlásil proti kališnickým Čechám křížovou výpravu. Matyáš Korvín, od roku 1458 uherský král, roku 1468 slíbil, že proti Jiřímu osobně povede křížovou výpravu. Za to měl dostat od českých katolických pánů českou královskou korunu.

Jiří z Poděbrad však se svou armádou vojsko krále Matyáše v únoru 1469 nedaleko Kutné Hory obklíčil, když použil několikařadou vozovou hradbu, a Matyáše zajal. Při následném jednání Jiří uvěřil slibům svého bývalého zetě, že proti němu přestane válčit, uzavřel s ním mír a propustil jej i s vojskem domů. Matyáš Korvín nejenže své sliby nedodržel, ale nevíc se nechal katolickými českými pány a zástupci moravských stavů zvolit v Olomouci českým králem. Odtrhl tak od Čech Moravu a Slezsko, i když legitimním českým panovníkem se nestal (uznaly ho pouze vedlejší země, Morava, Slezsko, Horní a Dolní Lužice). Králi Jiřímu zůstali věrní kališníci v Čechách.

Válka poté pokračovala až do smrti krále Jiřího z Poděbrad v roce 1471. Jiří ke konci života předvídal, že České království potřebuje nalézt v Evropě spojence, začal proto jednat s polským králem. Podařilo se mu prosadit v českém sněmu, aby budoucím českým králem byl zvolen polský princ Vladislav Jagellonský.