V té době kázal v kapli Betlémské Jan Hus. Žižka horlivě navštěvoval jeho kázání. V roce 1419 odešel bránit Plzeň proti útokům katolického panstva. V roce 1420 zamířil s některými husity do Sezimova Ústí, které bylo jihočeským střediskem revoluce. U Sudoměře porazili mohutný oddíl obrněných jezdců, který je pronásledoval. Husité na Žižkův popud založili na téměř nedobytném ostrohu nad řekou Lužnicí nové město Tábor. Žižka jako jeden ze čtyř táborových velitelů – hejtmanů začal budovat a cvičit armádu. Ještě v roce 1420 porazil křižáckou výpravu na Vítkově u Prahy. V příštím roce při obléhání hradu Rabí přišel o druhé oko, v roce 1422 porazil a obrátil na útěk druhou křížovou výpravu. V Čechách nebylo větší husitské autority než on. V roce 1424 však při novém tažení na Moravu onemocněl a u Přibyslavi zemřel. Po jeho smrti si část husitských vojsk říkala „sirotci“.