Po smrti Ludvíka Jagellonského v roce 1526 čeští stavové dlouho zvažovali různé kandidáty na český trůn. I když kandidátů byla celá řada, dali nakonec přednost Ferdinandu I. Habsburskému. Hlavním důvodem bylo válečné nebezpečí ze strany Turků. Stavové si uvědomovali, že je třeba zvolit společnou obranu s dalšími státy.

Ferdinand českým stavům slíbil všechno, co žádali. Slíbil zachovat práva stavů, uznat náboženskou svobodu a uhradit polovinu panovnických dluhů. Českým stavům to připadalo upřímné. A tak byl Ferdinand I. Habsburský roku 1526 zvolen českým králem a brzy získal také uherskou korunu. S nástupem Habsburků na český trůn končí období dějin označované jako středověk a začíná nový dějinný úsek nazývaný novověk.

Habsburský rod byl mocným evropským panovnickým rodem. Základem jejich panství byly rakouské země, a tak se pod vládou Habsburků spojily české země, uherské království a země rakouské. České země měly zvláštní postavení – byly nejbohatší z celého panství, proto odtud plynulo nejvíc peněz na válku proti Turkům. Sídelním městem Habsburků byla ovšem Vídeň, vliv českých stavů na krále se stále více zmenšoval. Každý budoucí pokus o větší samostatnost našich zemí byl potlačen.