Spojením českého království, rakouských zemí a uherského království založil Ferdinand habsburskou monarchii, která existovala téměř 400 let. Před zvolením českým králem slíbil české šlechtě a královským městům, že bude dodržovat dřívější práva českých stavů, mimo jiné také právo přijímat pod obojí. Od svého nástupu ovšem tento přísně katolický panovník prosazoval jako jediné náboženství katolickou víru. Vládl pevně a tvrdě a snažil se, aby hlavní moc v zemi byla soustředěna v rukou panovníka. Také na další své sliby brzy zapomněl. Představa, že by se nábožensky nejednotná říše mohla stát politicky nezvládnutelnou, poháněla císaře ke zvýšenému úsilí o obnovení církevní jednoty.

Pro další rozvoj českých zemí byla důležitá vzdělanost. Češi potřebovali znát cizí jazyky, hlavně němčinu. Nezastupitelné byly městské školy, které poskytovaly vzdělání budoucím obchodníkům a řemeslníkům. Rozvoji vzdělanosti velmi napomohl knihtisk.

Ferdinand I. usiloval kvůli válce s Turky o zvýšení daňových výnosů ve svých zemích. Promyšleně budoval novou centralizovanou státní správu. Největší tlak přirozeně doléhal na české země, které byly nejbohatší. Snaha omezit stavovskou samosprávu a vybírat od české šlechty i královských měst pravidelně daně nakonec vedla ke vzpouře. V roce 1547 vypuklo v Čechách první protihabsburské stavovské povstání, kterého se zúčastnila šlechta i města v čele s Prahou. Povstalci však byli nejednotní a Ferdinand je brzy porazil. Od povstání Ferdinand na Čechy zanevřel. Za sídlo si definitivně zvolil Vídeň a do Čech zajížděl jen málokdy. Účast některých příslušníků Jednoty bratrské v povstání se mu stala záminkou pro její pronásledování.