Mnozí vlastenci přes všechnu beznaděj zakládali různé organizace, které aktivně bojovaly proti Němcům. Jejich činnost sledovala jediný cíl – osvobodit a znovu obnovit Československo. Odbojové organizace se v součinnosti se zahraničím snažily připravovat povstání vedoucí k likvidaci protektorátu. Vlastenci tajně tiskli letáky s protifašistickými výzvami, udržovali spojení se zahraničím, pomáhali osobám ohroženým nacisty. Velkou roli sehrálo také zahraniční rozhlasové vysílání z Londýna a později z Moskvy.

Ve druhé polovině roku 1942 odbojové hnutí pozvolna překonávalo následky represí a teroru heydrichiády. Začaly se rozšiřovat ozbrojené formy boje. V lesích v pohoří Brdy, Beskydy, v Hostýnských vrších a na Českomoravské vrchovině se tvořily dobrovolné ozbrojené partyzánské oddíly. Partyzáni ničili mosty, železniční tratě a přepadávali německé vojenské jednotky. Pomáhali jim někteří místní obyvatelé – zásobovali je potravinami, ukrývali je a ošetřovali zraněné. Partyzáni byli podporováni britskými a sovětskými výsadky i jejich vojenským materiálem.

Okupanti zvláště v roce 1944 vytvořili zvláštní jednotky pro boj proti partyzánům. Ty organizovaly a uskutečňovaly velké protipartyzánské pátrací akce či preventivní zásahy proti obyvatelům, kteří žili v oblastech, ve kterých operovaly partyzánské skupiny. Pomocí veřejných poprav, zatýkání a nasazování konfidentů se Němci snažili narušit síť místních podporovatelů a izolovat partyzány v lesích.