Ukazovalo se však, že to bude stále obtížnější. Byl totiž nucen čelit stále silnějšímu tlaku sudetoněmeckého hnutí v čele s Konrádem Henleinem, jehož hlavním cílem bylo rozbití republiky a připojení Sudet k Německu.
30. září 1938 byl Edvard Beneš donucen přijmout mnichovský diktát. Vzápětí odstoupil z prezidentské funkce a odletěl do Anglie. Zde začal podobně jako v průběhu 1. světové války pracovat, organizovat a jednat. Jeho zásluhou byl mnichovský diktát prohlášen za neplatný.